Deciphering state-dependent immune features from multi-layer omics data at single-cell resolution

Nature Genetics, 2025

Edahiro R., Sato G., Naito T., Shirai Y., Saiki R., Sonehara K., Tomofuji Y., Yamamoto K., Namba S., Sasa N., Nagao G., Wang Q., Takahashi Y., Hasegawa T., Kishikawa T., Suzuki K., Liu Y., Motooka D., Takuwa A., Tanaka H., Azekawa S., Wang Q., Edahiro R., Shirai Y., Lee H., Hyugaji T., Shimizu E., Katayama K., Kanai M., Naito T., Sasa N., Takahashi K., Harada N., Naito T., Hiki M., Matsushita Y., Takagi H., Ichikawa M., Nakamura A., Harada S., Sandhu Y., Kabata H., Masaki K., Kamata H., Ikemura S., Chubachi S., Okamori S., Terai H., Morita A., Asakura T., Sasaki J., Morisaki H., Uwamino Y., Nanki K., Uchida S., Uno S., Nishimura T., Ishiguro T., Isono T., Shibata S., Matsui Y., Hosoda C., Takano K., Nishida T., Kobayashi Y., Takaku Y., Takayanagi N., Ueda S., Tada A., Miyawaki M., Yamamoto M., Yoshida E., Hayashi R., Nagasaka T., Arai S., Kaneko Y., Sasaki K., Tagaya E., Kawana M., Arimura K., Takahashi K., Anzai T., Ito S., Endo A., Uchimura Y., Miyazaki Y., Honda T., Tateishi T., 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Yamamoto Y., Yamamoto M., Yoneda M., Tomono K., Kato K., Koh H., Manabe T., Funatsu Y., Ito F., Fukui T., Shinozuka K., Kohashi S., Miyazaki M., Shoko T., Kojima M., Adachi T., Ishikawa M., Takahashi K., Inoue T., Hirano T., Kobayashi K., Takaoka H., Watanabe K., Miyazawa N., Kimura Y., Sado R., Sugimoto H., Kamiya A., Kuwahara N., Fujiwara A., Matsunaga T., Sato Y., Okada T., Hirai Y., Kawashima H., Narita A., Niwa K., Sekikawa Y., Nishi K., Nishitsuji M., Tani M., Suzuki J., Nakatsumi H., Ogura T., Kitamura H., Hagiwara E., Murohashi K., Okabayashi H., Mochimaru T., Nukaga S., Satomi R., Oyamada Y., Mori N., Baba T., Fukui Y., Odate M., Mashimo S., Makino Y., Yagi K., Hashiguchi M., Kagyo J., Shiomi T., Fuke S., Saito H., Tsuchida T., Fujitani S., Takita M., Morikawa D., Yoshida T., Izumo T., Inomata M., Kuse N., Awano N., Tone M., Ito A., Nakamura Y., Hoshino K., Maruyama J., Ishikura H., Takata T., Odani T., Amishima M., Hattori T., Shichinohe Y., Kagaya T., Kita T., Ohta K., Sakagami S., Koshida K., Hayashi K., Shimizu T., Kozu Y., Hiranuma H., Gon Y., Izumi N., Nagata K., Ueda K., Taki R., Hanada S., Kawamura K., Ichikado K., Nishiyama K., Muranaka H., Nakamura K., Hashimoto N., Wakahara K., Koji S., Omote N., Ando A., Kodama N., Kaneyama Y., Maeda S., Kuraki T., Matsumoto T., Yokote K., Nakada T., Abe R., Oshima T., Shimada T., Harada M., Takahashi T., Ono H., Sakurai T., Shibusawa T., Kimizuka Y., Kawana A., Sano T., Watanabe C., Suematsu R., Sageshima H., Yoshifuji A., Ito K., Takahashi S., Ishioka K., Nakamura M., Masuda M., Wakabayashi A., Watanabe H., Ueda S., Nishikawa M., Chihara Y., Takeuchi M., Onoi K., Shinozuka J., Sueyoshi A., Nagasaki Y., Okamoto M., Ishihara S., Shimo M., Tokunaga Y., Kusaka Y., Ohba T., Isogai S., Ogawa A., Inoue T., Fukuyama S., Eriguchi Y., Yonekawa A., Kan-o K., Matsumoto K., Kanaoka K., Ihara S., Komuta K., Inoue Y., Chiba S., Yamagata K., Hiramatsu Y., Kai H., Asano K., Oguma T., Ito Y., Hashimoto S., Yamasaki M., 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