Large-scale phenotyping of patients with long COVID post-hospitalization reveals mechanistic subtypes of disease

Nature Immunology, 2024

Liew F., Efstathiou C., Fontanella S., Richardson M., Saunders R., Swieboda D., Sidhu J., Ascough S., Moore S., Mohamed N., Nunag J., King C., Leavy O., Elneima O., McAuley H., Shikotra A., Singapuri A., Sereno M., Harris V., Houchen-Wolloff L., Greening N., Lone N., Thorpe M., Thompson A., Rowland-Jones S., Docherty A., Chalmers J., Ho L., Horsley A., Raman B., Poinasamy K., Marks M., Kon O., Howard L., Wootton D., Quint J., de Silva T., Ho A., Chiu C., Harrison E., Greenhalf W., Baillie J., Semple M., Turtle L., Evans R., Wain L., Brightling C., Thwaites R., Openshaw P., Abel K., Adamali H., Adeloye D., Adeyemi O., Adrego R., Jimenez L., Ahmad S., Haider N., Ahmed R., Ahwireng N., Ainsworth M., Alamoudi A., Ali M., Aljaroof M., Allan L., Allen R., Allerton L., Allsop L., Allt A., Almeida P., Al-Sheklly B., Altmann D., Corral M., Amoils S., Anderson D., Antoniades C., Arbane G., Arias A., Armour C., Armstrong L., Armstrong N., Arnold D., Arnold H., Ashish A., Ashworth A., Ashworth M., Aslani S., Assefa-Kebede H., Atkin P., Atkin C., Aul R., Aung H., Austin L., Avram C., Avramidis N., Ayoub A., Babores M., Baggott R., Bagshaw J., Baguley D., Bailey E., Baillie J., Bain S., Bakali M., Bakau M., Baldry E., Baldwin M., Baldwin D., Ballard C., Banerjee A., Bang D., Barker R., Barman L., Barran P., Barratt S., Barrett F., Basire D., Basu N., Bates M., Bates A., Batterham R., Baxendale H., Baxter G., Bayes H., Beadsworth M., Beckett P., Beggs M., Begum M., Beirne P., Bell M., Bell R., Bennett K., Beranova E., Bermperi A., Berridge A., Berry C., Betts S., Bevan E., Bhui K., Bingham M., Birchall K., Bishop L., Bisnauthsing K., Blaikely J., Bloss A., Bolger A., Bolton C., Bonnington J., Botkai A., Bourne C., Bourne M., Bramham K., Brear L., Breen G., Breeze J., Breeze K., Briggs A., Bright E., Brill S., Brindle K., Broad L., Broadley A., Brookes C., Broome M., Brown V., Brown M., Brown J., Brown J., Brown A., Brown A., Brown M., Brown J., Brugha T., Brunskill N., Buch M., Buckley P., Bularga A., Bullmore E., Bunker J., Burden L., Burdett T., Burn D., Burns G., Burns A., Busby J., Butcher R., Butt A., Byrne S., Cairns P., Calder P., Calvelo E., Carborn H., Card B., Carr C., Carr L., Carson G., Carter P., Casey A., Cassar M., Cavanagh J., Chablani M., Chalder T., Chalmers J., Chambers R., Chan F., Channon K., Chapman K., Charalambou A., Chaudhuri N., Checkley A., Chen J., Cheng Y., Chetham L., Childs C., Chilvers E., Chinoy H., Chiribiri A., Chong-James K., Choudhury N., Choudhury G., Chowienczyk P., Christie C., Chrystal M., Clark C., Clark D., Clarke J., Clohisey S., Coakley G., Coburn Z., Coetzee S., Cole J., Coleman C., Conneh F., Connell D., Connolly B., Connor L., Cook A., Cooper S., Cooper B., Cooper J., Copeland D., Cosier T., Coughlan E., Coulding M., Coupland C., Cox E., Craig T., Crisp P., Cristiano D., Crooks M., Cross A., Cruz I., Cullinan P., Cuthbertson D., Daines L., Dalton M., Daly P., Daniels A., Dark P., Dasgin J., David C., David A., Davies F., Davies E., Davies K., Davies G., Davies G., Davies M., Dawson J., Dawson C., Daynes E., Soyza A., Deakin B., Deans A., Deas C., Deery J., Defres S., Dell A., Dempsey K., Denneny E., Dennis J., Dewar A., Dharmagunawardena R., Diar-Bakerly N., Dickens C., Dipper A., Diver S., Diwanji S., Dixon M., Djukanovic R., Dobson H., Dobson S., Docherty A., Donaldson A., Dong T., Dormand N., Dougherty A., Dowling R., Drain S., Draxlbauer K., Drury K., Dulawan P., Dunleavy A., Dunn S., Dupont C., Earley J., Easom N., Echevarria C., Edwards S., Edwardson C., Elliott A., Elliott K., Ellis Y., Elmer A., El-Taweel H., Evans T., Evans R., Evans D., Evans R., Evans H., Evans J., Evenden C., Evison L., Fabbri L., Fairbairn S., Fairman A., Fallon K., Faluyi D., Favager C., Fayzan T., Featherstone J., Felton T., Ferreira V., Finch J., Finney S., Finnigan J., Finnigan L., Fisher H., Fletcher S., Flockton R., Flynn M., Foot H., Foote D., Ford A., Forton D., Fraile E., Francis C., Francis R., Francis S., Frankel A., Fraser E., Free R., French N., Fu X., Fuld J., Furniss J., Garner L., Gautam N., Geddes J., George J., George P., Gibbons M., Gill R., Gill M., Gilmour L., Gleeson F., Glossop J., Glover S., Goodman N., Goodwin C., Gooptu B., Gordon H., Gorsuch T., Greatorex M., Greenhaff P., Greenhalf W., Greenhalgh A., Greenwood J., Gregory R., Gregory H., Grieve D., Griffin D., Griffiths L., Guerdette A., Guillen-Guio B., Gummadi M., Gupta A., Gurram S., Guthrie E., Guy Z., Hadley K., Haggar A., Hainey K., Hairsine B., Haldar P., Hall L., Hall I., Halling-Brown M., Hamil R., Hancock A., Hancock K., Hanley N., Haq S., Hardwick H., Hardy T., Hardy E., Hargadon B., Harrington K., Harris E., Harrison E., Harrison P., Hart N., Harvey A., Harvey M., Harvie M., Haslam L., Hastie C., Havinden-Williams M., Hawkes J., Hawkings N., Haworth J., Hayday A., Haynes M., Hazeldine J., Hazelton T., Heaney L., Heeley C., Heeney J., Heightman M., Heller S., Henderson M., Henson H., Hesselden L., Hewitt M., Highett V., Hillman T., Hiwot T., Ho L., Hoare M., Hoare A., Hockridge J., Hogarth P., Holbourn A., Holden S., Holdsworth L., Holgate D., Holland M., Holloway L., Holmes K., Holmes M., Holroyd-Hind B., Holt L., Hormis A., Horsley A., Hosseini A., Hotopf M., Howard L., Howard K., Howell A., Hufton E., Hughes R., Hughes J., Hughes A., Humphries A., Huneke N., Hurditch E., Hurst J., Husain M., Hussell T., Hutchinson J., Ibrahim W., Ilyas F., Ingham J., Ingram L., Ionita D., Isaacs K., Ismail K., Jackson T., Jacob J., James W., Jang W., Jarman C., Jarrold I., Jarvis H., Jastrub R., Jayaraman B., Jenkins G., Jezzard P., Jiwa K., Johnson C., Johnson S., Johnston D., Jolley C., Jones S., Jones H., Jones L., Jones I., Jones G., Jones H., Jones M., Jones D., Jose S., Kabir T., Kaltsakas G., Kamwa V., Kanellakis N., Kaprowska S., Kausar Z., Keenan N., Kelly S., Kemp G., Kerr S., Kerslake H., Key A., Khan F., Khunti K., Kilroy S., King B., King C., Kingham L., Kirk J., Kitterick P., Klenerman P., Knibbs L., Knight S., Knighton A., Kon O., Kon S., Kon S., Korszun A., Koychev I., Kurasz C., Kurupati P., Laing C., Lamlum H., Landers G., Langenberg C., Lavelle-Langham L., Lawrie A., Lawson C., Lawson C., Layton A., Lea A., Lee J., Lee E., Lee D., Leitch K., Lenagh R., Lewis V., Lewis J., Lewis K., Lewis D., Lewis-Burke N., Li X., Light T., Lightstone L., Lilaonitkul W., Lim L., Linford S., Lingford-Hughes A., Lipman M., Liyanage K., Lloyd A., Logan S., Lomas D., Lone N., Loosley R., Lord J., Lota H., Lovegrove W., Lozano-Rojas D., Lucey A., Lucy G., Lukaschuk E., Lye A., Lynch C., MacDonald S., MacGowan G., Macharia I., Mackie J., Macliver L., Madathil S., Madzamba G., Magee N., Magtoto M., Mairs N., Majeed N., Major E., Malein F., Malim M., Mallison G., Man W., Mandal S., Mangion K., Manisty C., Manley R., March K., Marciniak S., Marino P., Mariveles M., Marks M., Marouzet E., Marsh S., Marshall M., Marshall B., Martin J., Martineau A., Martinez L., Maskell N., Matila D., Matimba-Mupaya W., Matthews L., Mbuyisa A., McAdoo S., McAllister-Williams H., McArdle P., McArdle A., McAulay D., McCann G., McCormick W., McCormick J., McCourt P., McCracken C., McGarvey L., McGee C., Mcgee K., McGinness J., McGlynn K., McGovern A., McGuinness H., McInnes I., McIntosh J., McIvor E., McIvor K., McLeavey L., McMahon A., McMahon M., McMorrow L., Mcnally T., McNarry M., McNeill J., McQueen A., McShane H., Mears C., Megson C., Megson S., Mehta P., Meiring J., Melling L., Mencias M., Menke R., Menzies D., Morillas M., Michael A., Michael B., Miller C., Milligan L., Mills N., Mills C., Mills G., Milner L., Misra S., Mitchell J., Mohamed A., Mohammed S., Molyneaux P., Monteiro W., Moriera S., Morley A., Morrison L., Morriss R., Morrow A., Moss P., Moss A., Motohashi K., Msimanga N., Mukaetova-Ladinska E., Munawar U., Murira J., Nanda U., Nassa H., Nasseri M., Nathu R., Neal A., Needham R., Neill P., Neubauer S., Newby D., Newell H., Newman J., Newman T., Newton-Cox A., Nichols T., Nicholson T., Nicolaou C., Nicoll D., Nikolaidis A., Nikolaidou C., Nolan C., Noonan M., Norman C., Novotny P., Ntotsis K., Nwafor L., Nwanguma U., Nyaboko J., O’Brien L., O’Brien C., Odell N., O’Donnell K., Ogbole G., Ogg G., Olaosebikan O., Oliver C., Omar Z., O’Regan D., Orriss-Dib L., Osborne L., Osbourne R., Ostermann M., Overton C., Owen J., Oxton J., Pack J., Pacpaco E., Paddick S., Painter S., Pairo-Castineira E., Pakzad A., Palmer S., Papineni P., Paques K., Paradowski K., Pareek M., Parekh D., Parfrey H., Pariante C., Parker S., Parkes M., Parmar J., Patale S., Patel M., Patel B., Patel S., Pattenadk D., Pavlides M., Payne S., Pearce L., Pearl J., Peckham D., Pendlebury J., Peng Y., Pennington C., Peralta I., Perkins E., Peterkin Z., Peto T., Petousi N., Petrie J., Pfeffer P., Phipps J., Piechnik S., Pimm J., Hanley K., Pius R., Plant H., Plein S., Plekhanova T., Plowright M., Poinasamy K., Polgar O., Poll L., Porter J., Porter J., Portukhay S., Powell N., Prabhu A., Pratt J., Price A., Price C., Price C., Price L., Price D., Price L., Prickett A., Propescu I., Propescu J., Prosper S., Pugmire S., Quaid S., Quigley J., Quint J., Qureshi H., Qureshi I., Radhakrishnan K., Rahman N., Ralser M., Raman B., Ramos H., Ramos A., Rangeley J., Rangelov B., Ratcliffe L., Ravencroft P., Rawlik K., Reddington A., Reddy R., Reddy A., Redfearn H., Redwood D., Reed A., Rees M., Rees T., Regan K., Reynolds W., Ribeiro C., Richards A., Richardson E., Richardson M., Rivera-Ortega P., Roberts K., Robertson E., Robinson L., Robinson E., Roche L., Roddis C., Rodger J., Rogers N., Ross G., Ross A., Rossdale J., Rostron A., Rowe A., Rowland J., Rowland M., Rowland A., Rowland-Jones S., Roy M., Roy K., Rudan I., Russell R., Russell E., Saalmink G., Sabit R., Sage B., Samakomva T., Samani N., Samat A., Sampson C., Samuel K., Samuel R., Sanders Z., Sanderson A., Sapey E., Saralaya D., Sargant J., Sarginson C., Sass T., Sattar N., Saunders K., Saunders P., Saunders R., Saunders L., Savill H., Saxon W., Sayer A., Schronce J., Schwaeble W., Scott J., Scott K., Selby N., Sewell T., Shah K., Shah A., Shah P., Shankar-Hari M., Sharma M., Sharpe C., Sharpe M., Shashaa S., Shaw A., Shaw V., Shaw K., Sheikh A., Shelton S., Shenton L., Shevket K., Short J., Siddique S., Siddiqui S., Sidebottom J., Sigfrid L., Simons G., Simpson N., Simpson J., Singapuri A., Singh S., Singh C., Singh S., Sissons D., Skeemer J., Slack K., Smith D., Smith N., Smith A., Smith J., Smith L., Smith S., Soares M., Solano T., Solly R., Solstice A., Soulsby T., Southern D., Sowter D., Spears M., Spencer L., Speranza F., Stadon L., Stanel S., Steeds R., Steele N., Steiner M., Stensel D., Stephens G., Stephenson L., Stern M., Stewart I., Stimpson R., Stockdale S., Stockley J., Stoker W., Stone R., Storrar W., Storrie A., Storton K., Stringer E., Strong-Sheldrake S., Stroud N., Subbe C., Sudlow C., Suleiman Z., Summers C., Summersgill C., Sutherland D., Sykes D., Sykes R., Talbot N., Tan A., Tarusan L., Tavoukjian V., Taylor J., Taylor A., Taylor C., Taylor J., Te A., Tedd H., Tee C., Teixeira J., Tench H., Terry S., Thackray-Nocera S., Thaivalappil F., Thamu B., Thickett D., Thomas D., Thomas S., Thomas C., Thomas A., Thomas-Woods T., Thompson A., Thompson T., Thornton T., Thorpe M., Tilley J., Tinker N., Tiongson G., Tobin M., Tomlinson J., Tong C., Toshner M., Touyz R., Treibel T., Tripp K., Trivedi D., Tunnicliffe E., Turnbull A., Turner K., Turner S., Turner V., Turner E., Turney S., Turton H., Ugoji J., Ugwuoke R., Upthegrove R., Valabhji J., Ventura M., Vere J., Vickers C., Vinson B., Vogiatzis I., Wade E., Wade P., Wainwright T., Wajero L., Walder S., Walker S., Walker S., Wall E., Wallis T., Walmsley S., Walsh S., Walsh J., Warburton L., Ward T., Warwick K., Wassall H., Waterson S., Watson L., Watson E., Watson J., Webster M., McCall J., Welch H., Welch C., Welsh B., Wessely S., West S., Weston H., Wheeler H., White S., Whitehead V., Whitney J., Whittaker S., Whittam B., Whitworth V., Wight A., Wild J., Wilkins M., Wilkinson D., Williams N., Williams N., Williams B., Williams J., Williams-Howard S., Willicombe M., Willis G., Willoughby J., Wilson A., Wilson I., Wilson D., Window N., Witham M., Wolf-Roberts R., Wood C., Woodhead F., Woods J., Wootton D., Wormleighton J., Worsley J., Wraith D., Brown C., Wright C., Wright S., Wright L., Wyles J., Wynter I., Xie C., Xu M., Yasmin N., Yasmin S., Yates T., Yip K., Young S., Young B., Young A., Yousuf A., Zawia A., Zeidan L., Zhao B., Zheng B., Zongo O., Adeniji K., Agranoff D., Agwuh K., Ahmed K., Ail D., Aldera E., Alegria A., Alex B., Allen S., Andrikopoulos P., Angus B., Armstrong J., Ashish A., Ashworth M., Asiimwe I., Atkinson D., Bach B., Baillie J., Bakshi S., Barclay W., Bari S., Barlow G., Barlow S., Barnass S., Barrett N., Bassford C., Basude S., Baxter D., Beadsworth M., Bernatoniene J., Berridge J., Berry C., Best N., Bogaert D., Booth L., Bothma P., Brennan B., Brittain-Long R., Bullock K., Bulteel N., Burden T., Burtenshaw A., Carlucci N., Carson G., Caruth V., Cass E., Catterall B., Chadwick D., Chambler D., Chand M., Chechi K., Chee N., Child J., Chukkambotla S., Clark R., Clark T., Clark J., Clarke E., Clohisey S., Cole S., Collini P., Connor M., Cooke G., Cooper L., Cosgrove C., Coutts A., Cox H., Cupitt J., Cutino-Moguel M., da Silva Filipe A., Dalton J., Dark P., Davis C., Dawson C., de Silva T., Dervisevic S., Dincarslan O., Carracedo A., Docherty A., Donegan C., Donelly L., Donnison P., Donohue C., Santos Correia G., Douthwaite S., Drake T., Drummond A., Dumas M., Dunn C., Dunning J., DuRand I., Dushianthan A., Dyer T., Dyer P., Elliott A., Evans C., Evans A., Eziefula C., Fairfield C., Fawkes A., Fegan C., Finch L., Finn A., Fisher L., Flaherty L., Fletcher T., Foster T., Fullerton D., Gamble C., Garcia-Dorival I., Garg A., Garg S., Gilchrist T., Girvan M., Gkrania-Klotsas E., Godden J., Goldsmith A., Graham C., Grammatikopoulos T., Green C., Greenhalf W., Griffin J., Griffiths F., Gunning P., Gupta R., Hafezi K., Halpin S., Hardwick H., Hardy E., Harrison E., Harrison J., Hartley C., Hartshorn S., Harvey D., Havalda P., Hawcutt D., Hendry R., Ho A., Hobrok M., Hodgson L., Holden K., Holmes A., Horby P., Hormis A., Howard J., Ijaz S., Jackson C., Jacobs M., Jain S., Jennings P., Jensen R., Jones C., Jones T., Kaliappan A., Kasipandian V., Keating S., Kegg S., Kelsey M., Kendall J., Kerrison C., Kerslake I., Khandaker S., Khoo S., King K., Kiy R., Klenerman P., Knight S., Knight S., Koch O., Koduri G., Koshy G., Koukorava C., Laha S., Lahnsteiner E., Laird S., Lake A., Lant S., Larkin S., Latawiec D., Lavelle-Langham L., Law A., Lee J., Leeming G., Lefteri D., Leiner T., Lett L., Lewis M., Liggi S., Lillie P., Lim W., Limb J., Linnett V., Little J., Livoti L., Lyttle M., MacGillivray L., Maclean A., MacMahon M., MacNaughton E., Mancini M., Mankregod R., Marsh L., Maslen L., Massey H., Masson H., Matovu E., Maziere N., McCafferty S., McCullough K., McDonald S., McDonald S., McEvoy L., McEwen R., McLauchlan J., Mclean K., Meda M., Mentzer A., Merson L., Metelmann S., Meynert A., Miah N., Middleton J., Mills G., Minton J., Mitchell J., Mohandas K., Mok Q., Moon J., Moore E., Moore S., Morgan P., Morrice K., Morris C., Mortimore K., Moses S., Mpenge M., Mulla R., Murphy D., Murphy L., Murphy M., Murphy E., Nagarajan T., Nagel M., Nelson M., Norman L., Norris L., Norris L., Noursadeghi M., Olanipekun M., Oosthuyzen W., Openshaw P., Osagie A., O’Shea M., Ostermann M., Otahal I., Pais M., Palmarini M., Palmieri C., Panchatsharam S., Papakonstantinou D., Papineni P., Paraiso H., Patel B., Pattison N., Paxton W., Penrice-Randal R., Pepperell J., Peters M., Phull M., Pilgrim J., Pintus S., Pius R., Planche T., Plotkin D., Pollakis G., Post F., Price N., Price D., Prince T., Prout R., Rae N., Rambaut A., Reschreiter H., Reynolds T., Richardson N., Ridley P., Roberts M., Roberts S., Roberts D., Robertson D., Rose A., Rousseau G., Ruge B., Russell C., Ryan B., Sales D., Saluja T., Sancho-Shimizu V., Sands C., Saviciute E., Schmid M., Scott J., Scott-Brown J., Semple M., Shah A., Shankar-Hari M., Shanmuga P., Sharma A., Shaw C., Shaw V., Shawcross A., Shears R., Sigfrid L., Pooni J., Sizer J., Small B., Smith R., Snelson C., Solomon T., Spencer R., Spittle N., Sriskandan S., Staines N., Stambach T., Stewart R., Stuart D., Subramaniam K., Subudhi P., Summers C., Swann O., Szakmany T., Szemiel A., Taggart A., Tait S., Takats Z., Takis P., Tanianis-Hughes J., Tatham K., Tedder R., Thomas J., Thomas J., Thompson R., Thompson C., Thomson E., Tridente A., Trochu E., Tupper-Carey D., Turtle L., Twagira M., Vallotton N., van Tonder L., Vancheeswaran R., Vincent R., Vincent-Smith L., Visuvanathan S., Vuylsteke A., Waddy S., Wake R., Walden A., Welters I., Wham M., Whitehouse T., Whittaker P., Whittington A., Wijesinghe M., Wilcock E., Williams M., Wilson L., Winchester S., Wiselka M., Wolverson A., Wootton D., Workman A., Wrobel N., Yates B., Young P., Zambon M., Zhang J.,